پژوهش های زعفران در بررسی و داوری مقالات از روش داوری تخصصی «دوسو ناشناس» استفاده می‌کند. در این فرایند داور و نویسنده یا نویسندگان از هویت یکدیگر اطلاع نخواهند داشت. رعایت ملاحظات اخلاقی زیر برای تمامی داوران گرامی که با این نشریه همکاری دارند الزامی است:
در این مرحله، مقالاتی که از فرمت مناسب بر اساس «راهنمای تنظیم مقاله» برخوردار باشند، جهت بررسی به هیأت تحریریه نشریه ارسال می گردند. در این مرحله مقالاتی که دارای محتوای علمی مناسب بوده و از نظر موضوعی با محورهای موضوعی نشریه مطابقت و همخوانی داشته باشند، مورد تأیید اولیه قرار گرفته و داور مناسب توسط هیأت تحریریه برای آنها انتخاب خواهد شد. این مرحله، معمولاً بین 7 تا 10 روز کاری طول می کشد.
مقالاتی که در مرحله قبل مورد تأیید قرار گرفته اند، حداقل برای دو داور که در موضوع مقاله صاحب‌نظر باشند، ارسال و پس از داوری بر حسب نتیجه داوری به سه دسته تقسیم می‌شوند:
1. مقالاتی که بدون اصلاح قابل انتشار است؛
2. مقالاتی که پس از اصلاحات مورد نظر داوران قابل انتشار است؛
3. مقالاتی که قابل انتشار نیست.
بدیهی است مقالات دسته اول پس از پرداخت هزینه پذیرش و انتشار، بلافاصله در نوبت انتشار قرار خواهد گرفت. دسته دوم نیز به‌منظور اعمال اصلاحات مورد نظر داوران، برای نویسنده اصلی مقاله ارسال خواهد شد و مقالات غیرقابل انتشار نیز ضمن اطلاع به نویسنده مقاله، از مسیر بررسی خارج می‌گردد. این مرحله معمولاً بین 1 تا 3 ماه طول می کشد.
در این مرحله، نویسنده یا نویسندگان مقاله باید از تاریخ دریافت مقاله، حداکثر ظرف مدت 15 روز اصلاحات مورد نظر داوران را انجام دهند یا دلایل خود مبنی بر عدم نیاز به اصلاح را از طریق سایت فصلنامه به اطلاع برسانند. انجام اصلاحات ممکن است در یک پروسه رفت و برگشتی شامل دو یا سه مرحله اصلاحات باشد و تا زمانی که محتوای مقاله از نظر دبیران نشریه قابل قبول باشد به طول بیانجامد.
پس از احراز اصلاحات مورد نظر داوران و یا اقامه دلایل کافی مبنی بر عدم نیاز به اصلاح، مقاله در نوبت انتشار قرار می‌گیرد و مراتب، طی نامه کتبی مبنی بر پذیرش نهایی و انتشار مقاله، برای صاحب اثر ارسال خواهد شد.
در این مرحله مقالاتی که پذیرفته شده اند در لیست مقالات آماده انتشار قرار خواهند گرفت و بر اساس نوبت انتشار در شماره های بعدی منتشر خواهند شد.
